Vòng loại U21 Quốc gia 2026 quy tụ 17 đội bóng đến từ các CLB bóng đá chuyên nghiệp, ngoài chuyên nghiệp, trung tâm đào tạo và trường năng khiếu trên cả nước, gồm: An Giang, Công an Hà Nội, Thanh Hóa, Đồng Nai, Hà Nội, Hà Nội Bulls, HAGL, Mê Kông Cần Thơ, PVF, PVF-CAND, Đà Nẵng, SLNA, Tây Ninh, TP.HCM, Thể Công Viettel, Trẻ Phù Đổng và TTHL&TĐTT tỉnh Gia Lai.

17 đội bóng tham dự được chia thành 4 bảng đấu. Theo kết quả bốc thăm, bảng A (do Công ty TNHH MTV Thể thao Viettel đăng cai tổ chức) thi đấu tại Trung tâm đào tạo bóng đá Viettel (Hà Nội), gồm 4 đội: Hà Nội, Hà Nội Bulls, PVF và Thể Công Viettel. Bảng B (do Công ty Cổ phần Thể thao PVF-CAND đăng cai tổ chức) thi đấu tại Trung tâm Đào tạo bóng đá trẻ PVF (Hưng Yên), gồm 5 đội: Công an Hà Nội, Thanh Hóa, SLNA, Trẻ Phù Đổng và PVF-CAND.

Bảng C (do LĐBĐ TP.HCM đăng cai tổ chức) thi đấu tại Trung tâm Thể thao Thành Long (TP.HCM), gồm 4 đội: HAGL, Đà Nẵng, TTHL&TĐTT tỉnh Gia Lai và TP.HCM. Bảng D (do Trung tâm Huấn luyện và Thi đấu TDTT Đồng Nai đăng cai tổ chức) thi đấu tại Sân Trung tâm Huấn luyện và Thi đấu TDTT Đồng Nai và Sân vận động Bình Phước (Đồng Nai), gồm 4 đội: An Giang, Mê Kông Cần Thơ, Tây Ninh và Đồng Nai.

Tại vòng loại, các đội thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng tại mỗi bảng. Kết thúc vòng đấu, 4 đội xếp nhất bảng, 4 đội xếp nhì bảng cùng 3 đội xếp ba có thành tích tốt nhất sẽ giành quyền tham dự vòng chung kết. Trong trường hợp số đội giữa các bảng không bằng nhau, khi so sánh thành tích của các đội xếp thứ ba, BTC sẽ không tính kết quả các trận đấu giữa đội xếp thứ ba với đội xếp cuối tại những bảng có số đội nhiều hơn nhằm đảm bảo số trận được tính là tương đồng giữa các bảng.

Theo Điều lệ giải, nếu đội chủ nhà của vòng chung kết kết thúc vòng loại trong nhóm 11 đội có thành tích tốt nhất, suất tham dự còn lại sẽ được trao cho đội xếp thứ ba tiếp theo có thành tích cao nhất.
Vòng loại U21 Quốc gia 2026 sẽ diễn ra từ ngày 25/6 đến ngày 5/7. Vòng chung kết dự kiến được tổ chức từ ngày 12/7 đến ngày 25/7.

Theo kết quả bốc thăm, các trận đấu khai màn tại các bảng như sau:
Bảng A (30/6/2026): PVF - Hà Nội Bulls, Thể Công Viettel - Hà Nội
Bảng B (25/6/2026): Thanh Hóa - Trẻ Phù Đổng, PVF-CAND - Công an Hà Nội
Bảng C (30/6/2026) TTHL&TĐTT tỉnh Gia Lai - SHB Đà Nẵng, TP.HCM - HAGL
Bảng D (30/6/2026) An Giang - Tây Ninh, Đồng Nai - Mê Kông Cần Thơ