Chấn thương rách cơ khép của Serge Gnabry là một cú sốc lớn đối với Bayern, dù sao thì cầu thủ 30 tuổi đã có một sự hồi sinh đáng kể trong mùa giải này. Thay thế cho Musiala bị chấn thương dài hạn, Gnabry đã hòa nhập vào đội hình xuất phát và thi đấu tốt đến mức Musiala không thể giành lại vị trí trong đội hình chính ngay cả sau khi bình phục chấn thương vào đầu năm. Gnabry vẫn là trụ cột trong những trận đấu lớn nhất của đội cho đến khi bị rách cơ khép vào giữa tháng Tư – chấm dứt cả mùa giải và hy vọng dự World Cup.

Trong cái rủi, có cái may. Chấn thương của Gnabry đến đúng lúc Musiala tìm lại phong độ tốt nhất của mình. Vào tháng 3, tiền vệ kiến ​​tạo này lại phải nghỉ thi đấu vì chấn thương mắt cá chân, rút ​​khỏi ĐT Đức và được  thông báo rằng anh có thể bỏ lỡ World Cup. Tuy nhiên, đến tháng 4, cầu thủ 20 tuổi này đã tìm lại phong độ đỉnh cao, thể hiện một loạt màn trình diễn xuất sắc, khẳng định tầm quan trọng của anh đối với CLB và ĐTQG.

Tại Bundesliga, anh bắt đầu ghi bàn khi vào sân từ băng ghế dự bị thay cho Gnabry, người đang được cho nghỉ ngơi. Trong trận tứ kết Champions League gặp Real Madrid, anh đã tạo ra động lực quan trọng từ băng ghế dự bị, và sau chấn thương của Gnabry, anh đã trở lại đội hình xuất phát. 6 bàn thắng và 6 pha kiến ​​tạo trong 7 trận đấu, Musiala chơi đầy sung sức, trong khi khả năng chuyền bóng ngày càng xuất sắc và kỹ thuật rê bóng ngày càng tinh tế.

HLV Vincent Kompany đã khen: "Về thể chất, cậu ta đang rất gần với phong độ đỉnh cao. Chạy, pressing, tranh chấp bóng đều hoàn hảo. Chỉ còn một câu hỏi: khi nào thì Musiala ma thuật sẽ trở lại? Đó là Musiala ở phong độ tốt nhất. Với tư cách là một HLV, tôi đang rất mong chờ điều đó".

Rồi Bayern gặp PSG, chính là đối thủ đã khiến Musiala bị gãy xương mác trong trận đấu thuộc Club World Cup hè 2025. Anh trở lại đội hình xuất phát và ngay lập tức trở thành một nhân vật chủ chốt. Sân khấu hoàn hảo cho sự trở lại của Musiala ma thuật. Nó đang dần trở thành một trong những câu chuyện mà chỉ có bóng đá mới có thể viết nên.

Musiala đá chính trận lượt đi gặp PSG, nhưng anh lại không tạo được dấu ấn. Michael Olise, Harry Kane và Luis Diaz mới là những người tỏa sáng. Mặc dù Bayern ghi 4 bàn nhưng Musiala không có cú sút nào trúng đích, không có pha kiến ​​tạo nào và chỉ có một cơ hội duy nhất mà anh đã bỏ lỡ một cách đáng tiếc. Anh chỉ hoàn thành 26 đường chuyền, ít thứ hai trong số các cầu thủ đá chính.

Trận đấu diễn ra khá nhạt nhẽo đối với Musiala, và ở một mức độ nào đó, điều đó phản ánh bản chất của trận đấu. Bóng chủ yếu được chuyền qua lại dọc hai cánh, như thể trung tâm sân đã bị gài mìn. Joshua Kimmich và Aleksandar Pavlovic ở hàng tiền vệ cũng chỉ đuổi theo bóng.

"Tôi không nghĩ cậu ấy chơi mờ nhạt tại Paris" giám đốc thể thao Max Eberl đã phản bác những lời chỉ trích dành cho Musiala một cách khá nhẹ nhàng, nhưng ông còn có thể nói gì khác? Musiala đã mắc lỗi ở phút thứ 33, khi để Joao Neves dễ dàng ghi bàn từ một quả phạt góc, nâng tỷ số lên 1-2. "Cậu ta không tỏa sáng rực rỡ như những người khác, nhưng đã thi đấu vô cùng chăm chỉ", Eberl nói hoàn toàn đúng. Musiala đã tham gia 15 pha tranh chấp - chỉ đứng sau Olise.

4 ngày sau màn trình diễn ở Paris, Bayern tiếp đón Heidenheim tại Bundesliga. Musiala là 1 trong 4 cầu thủ duy nhất giữ được vị trí trong đội hình xuất phát, nhưng anh lại gần như vô hình trong trận hòa 3-3. Musiala chỉ có một cú sút yếu ớt trước khi Kompany thay ra ở hiệp hai.

Trong trận lượt về gặp PSG, Musiala có cơ hội thứ hai để tạo nên một khoảnh khắc "đội bóng gây bất ngờ". Song, anh tiếp tục im lặng, thi đấu kém hiệu quả và lại bị thay ra, để rồi chứng kiến Bayern bị loại khỏi Champions League từ băng ghế dự bị.