Theo thể thức mới, 54 đội tuyển châu Phi được chia thành 9 bảng, mỗi bảng 6 đội. Đội đầu bảng sẽ giành vé trực tiếp dự World Cup, còn 4 đội nhì bảng có thành tích tốt nhất sẽ bước vào vòng loại thứ hai - nơi họ đá loại trực tiếp để giành suất đá play-off liên lục địa.

Burkina Faso kết thúc ở vị trí thứ 5 trong BXH các đội nhì bảng, kém đội xếp thứ 4 Nigeria đúng 1 bàn thắng trong hiệu số.

Vấn đề phát sinh vào tháng 3, khi CAF thông báo chỉ 8 trong số 10 trận đấu ở vòng bảng được tính vào bảng xếp hạng đội nhì. Kết quả với đội đứng thứ 6 trong bảng sẽ bị xoá bỏ hoàn toàn.

Lý do là Eritrea - một trong những đội ở vòng loại - rút lui trước khi giải bắt đầu, khiến một bảng chỉ còn 5 đội. Để bảo đảm công bằng, CAF quyết định loại bỏ kết quả với đội cuối bảng ở tất cả các nhóm.

Do những bất ổn trong nước nên Eritrea quyết định không tham gia vòng loại World Cup. Từ tháng 1/2020 đến tháng 5/2024, đội tuyển này không thi đấu bất kỳ trận quốc tế nào trước khi trở lại bằng hai trận giao hữu với đội tuyển Niger.

Trớ trêu thay, việc Eritrea rút lui lại ảnh hưởng trực tiếp tới Niger, đội cùng bảng với họ, bởi Niger kết thúc vòng loại đồng điểm với Nigeria, song thua hiệu số tới 6 bàn.

Thế nhưng, Burkina Faso mới là đội chịu thiệt hại nặng nhất. Họ giành 21 điểm trong bảng đấu, nhiều hơn cả Nigeria (17 điểm), song vì hai chiến thắng 6-0 và 4-1 trước Djibouti (đội đứng thứ 6 bảng A) bị xoá bỏ, họ mất đi 6 điểm và 10 bàn hiệu số.

Trong khi đó, Nigeria chỉ hoà Zimbabwe 1-1 ở cả hai lượt trận tại bảng C - kết quả vừa đủ để họ vượt lên Burkina Faso khi tính theo quy định mới.

Kết quả là Nigeria, cùng với Gabon, CHDC Congo và Cameroon, trở thành 4 đội nhì bảng xuất sắc nhất, tiếp tục tranh vé dự World Cup 2026.