Tham dự vòng chung kết lần này gồm có 16 đội đã xuất sắc vượt qua vòng loại. 16 đội được chia thành 4 bảng để thi đấu theo thể thức vòng tròn 1 lượt tính điểm. Hai đội xuất sắc nhất mỗi bảng sẽ giành quyền vào tứ kết. Kết quả bốc thăm gồm Bảng A có U13 Bình Dương, U13 Becamex Bình Dương, U13 PVF, U13 SLNA; Bảng B là sự hiện diện của U13 VES Bà Rịa – Vũng Tàu, U13 Haduwaco Hải Dương, U13 Huế, U13 Đà Nẵng; Bảng C gồm U13 Navy Phú Nhuận (TP.HCM), U13 Nam Định, U13 Quảng Nam, U13 Hồng Lĩnh Hà Tĩnh trong lúc bảng D có U13 TP.HCM, U13 Hà Nội, U13 HAGL, U13 Phú Thọ

Vòng chung kết sẽ diễn ra từ ngày 3 đến 13/7 trên ba mặt sân thuộc cụm sân Gò Đậu: sân chính, sân B và sân C. Trận khai mạc sẽ diễn ra vào lúc 15h00 ngày 3/7 giữa hai đội chủ nhà U13 Bình Dương và U13 Becamex Bình Dương trên sân Gò Đậu. Trước khi trận đấu này diễn ra, ban tổ chức sẽ tiến hành lễ khai mạc. Đồng hành từ năm 2003, Công ty Yamaha Motor Việt Nam tiếp tục là nhà tài trợ chính của giải đấu năm nay, thể hiện cam kết lâu dài trong việc phát triển bóng đá trẻ và tạo sân chơi bổ ích cho thiếu niên trên toàn quốc.

Giải Bóng đá Thiếu niên (U13) Toàn quốc Yamaha Cup là sân chơi truyền thống nằm trong hệ thống thi đấu quốc gia, do Báo Thiếu niên Tiền phong và Nhi đồng phối hợp cùng LĐBĐ Việt Nam (VFF) tổ chức. Sau 28 mùa giải, sân chơi này không chỉ ngày càng được nâng cao về chất lượng tổ chức và chuyên môn, mà còn trở thành bệ phóng cho nhiều tài năng bóng đá trẻ Việt Nam như Đỗ Duy Mạnh, Đoàn Văn Hậu, Nguyễn Quang Hải, Nguyễn Văn Toàn, Vũ Văn Thanh, Phạm Đức Huy, Lương Xuân Trường, Nhâm Mạnh Dũng…