Kết thúc vòng loại giải U21 QG 2025, đã xác định 12 đội bóng góp mặt ở vòng chung kết gồm: Hà Nội, Thể Công Viettel (bảng A); PVF, SLNA (bảng B); SHB Đà Nẵng, HAGL (bảng C); Đồng Tháp, TP.HCM (bảng D); Tây Ninh, Đắk Lắk (bảng E). Ngoài ra, hai đội xếp thứ 3 có thành tích tốt nhất cũng góp mặt là PVF CAND và CLB TP.HCM. Như vậy, tại vòng chung kết giải U21 năm nay, PVF và TP.HCM là 2 lò đào tạo trẻ có 2 đội bóng góp mặt. 

Đội bóng phố Núi cũng tham dự với 2 đội ở vòng loại gồm HAGL I và HAGL II. Tuy nhiên, đội bóng HAGL II đã không vượt qua được vòng bảng khi chỉ đứng thứ 4 tại bảng E với 4 điểm, xếp trên mỗi Đồng Nai. Trong khi đó, U21 Đồng Tháp là đội bóng duy nhất toàn thắng cả 4 trận vòng bảng và đứng đầu bảng D với 12 điểm. Hai đội đứng đầu bảng có số điểm ít nhất là Hà Nội (bảng A) và SHB Đà Nẵng (bảng C), mỗi đội chỉ có 7 điểm do đá có 3 trận vì bảng đấu của họ gồm 4 đội.

Lễ bốc thăm và xếp lịch thi đấu vòng chung kết sẽ diễn ra lúc 10h00 ngày 16/7 tại trụ sở LĐBD Việt Nam. 12 đội chia làm 3 bảng, thi đấu từ ngày 19/7 đến 31/7 tại 3 sân: Bà Rịa, Long Tâm và Tân Hưng (thuộc BR-VT, TP.HCM).