Ở môn bóng đá nam sau khi Brunei và Timor Leste rút lui, 9 đội bóng tham dự sẽ được chia thành 3 bảng, mỗi bảng 3 đội. Theo phân nhóm hạt giống: Nhóm 1 gồm Thái Lan (chủ nhà), Indonesia (đương kim vô địch) và U22 Việt Nam. Nhóm 2 có Malaysia, Myanmar và Campuchia. Nhóm 3 còn lại gồm Lào, Philippines và Singapore. Theo thể thức này, đội nhất bảng mỗi bảng cùng đội nhì bảng có thành tích tốt nhất của ba bảng (tổng cộng 4 đội) sẽ vào bán kết. 

Việc không nằm cùng bảng với các đối thủ mạnh như Indonesia và Thái Lan là tin vui với U22 Việt Nam. Điều này giúp các học trò của HLV Kim Sang Sik có cơ hội lớn giành vé vào bán kết mà không cần tốn quá nhiều sức. Đây là lần đầu tiên SEA Games tổ chức theo thể thức mới.

Trước đó, môn bóng đá nam của Đại hội TDTT Đông Nam Á được chia thành hai bảng. Vòng bảng, các đội sẽ thi đấu vòng tròn một lượt, sau đó hai đội đứng đầu mỗi bảng sẽ gặp nhau ở bán kết. Hai đội thắng ở bán kết sẽ gặp nhau ở chung kết, và hai đội thua ở bán kết sẽ tranh huy chương đồng. 

Việc chia thành 3 bảng đấu thay vì 2 bảng như trước nhằm giảm tải số lượng trận đấu cho các đội bóng tham dự. Cụ thể, nếu chỉ có 2 bảng đấu, mỗi đội sẽ phải đá từ 4-5 trận ở vòng bảng cách ngày. Điều này gây ảnh hưởng trực tiếp tới thể lực của các cầu thủ.

Lễ bốc thăm chính thức cho tất cả các môn thi đấu tại SEA Games 2025 bao gồm cả bóng đá nam sẽ diễn ra vào ngày 19/10. Theo lịch dự kiến, môn bóng đá sẽ diễn ra từ khoảng ngày 3-18/12, với bóng đá nam và nữ đều có sự tham gia mạnh mẽ của các quốc gia trong khu vực.

Ở nội dung bóng đá nam, các đội tuyển sẽ thi đấu theo thể thức U22 (cầu thủ sinh từ ngày 1/1/2003 trở về sau), không cho phép cầu thủ quá tuổi thi đấu. Vòng bảng sẽ được tổ chức tại các sân ở Songkhla, Chiang Mai và Bangkok, trong khi vòng bán kết và chung kết dự kiến diễn ra tại SVĐ quốc gia Rajamangala (Bangkok).